Clonar un disco duro no es muy diferente a clonar una partición, de hecho, se puede hacer con las mismas herramientas ambas tareas.
Sólo hay que recordar que el disco duro es la suma de sus particiones más el sector de arranque.
Y que si usamos un programa como dd o cat, con poner de dispositivo al disco duro completo /dev/sda en vez de una partición /dev/sda5 ya tendríamos la copia de nuestro disco.